郑州市生态环境局荥阳分局设置以下内设机构：

1、办公室。负责日常文电会务、机要保密、交办督办、政务公开、信息公开、宣传教育、意识形态、 精神文明建设和后勤保障等工作；承担本级生态环境保护委员会办公室日常工作。

2、综合业务科（督察整改科)。组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析工作；落实主要污染物总量控制、排污权交易制度;落实生态环境保护年度目标。承担生态环境保护督察整改工作。

3、组织人事科。负责机构编制和人事工作；负责领导班子建设、干部队伍建设；负责教育培训、离退休干部工作;承担生态环境行政体制改革有关工作。承担党的建设、纪检监察等工作。

4、法制信访科。承担有关规范性文件的合法性审核；承办本级执法决定法制审核、行政复议、行政应诉、国家赔偿、生态环境损害赔偿以及组织开展法制宣传教育等工作；开展环保信用评价管理工作；负责生态环境信访稳定、平安建设以及人大建议、 政协提案办理工作。

5、财务科。承担财务、国有资产管理、政府采购、内部审计、 环保专项资金管理工作。

6、环评科。负责辖区自然生态环境保护工作。负责环境影响评价（行政审批）、排污许可工作。

7、生态科。负责辖区自然生态环境保护工作。

8、水生态环境科。负责地表水生态环境监督管理；监督管理饮用水水源地生态环境保护工作；落实水主要污染物总量减排计划，负责涉水单位排污许可证技术审查工作；负责南水北调水源保护区水质保护、水污染防治和生态保护监督管理工作。

9、大气环境科。负责大气、噪声、光、石化能源等污染防治的监督管理；组织落实重污染天气应对政策措施和大气主要污染物总量减排计划，协助开展涉企单位排污许可证技术审查工作；承担应对气候变化相关工作落实。

10、土壤环境科。负责辖区土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理；负责农村生态环境综合整治，监督指导农业面源污染治理工作。

11、核与固废监管科。实施核与辐射环境安全监管工作；参与核与辐射环境事故应急处理工作，负责核与辐射建设项目环境管理工作。负责固体废物（危险废物）、重金属、化学品、废弃电器电子产品、持久性有机污染物等环境监管管理工作；加强医疗类危险废物环境监管，组织落实固体废物、有毒化学品、新化学物质等环境管理制度。

12、应急管理科。负责突发环境事件的信息调度、协调处置和预案管理、风险评估、应急演练等工作，会同有关部门协调事发当地政府开展较大以上突发环境事件应急应对工作，负责生态环境系统环境安全生产协调管理工作。

13、科技信息监测科。负责生态环境科技标准、清洁生产、循环经济发展等工作；负责“智慧环保”信息化平台、生态环境监测网建设、污染源自动监控系统建设和管理工作。负责生态环境监测有关工作。

14、移动源管理科。负责机动车、非道路移动机械等移动源污染防治工作；拟订辖区控制移动源排放污染防治规划并组织实施; 负责辖区机动车和其他以内燃机为动力的移动源污染防治的监督 管理，统筹“油、路、车”技术政策。

下设1个二级机构：

郑州市生态环境局荥阳综合行政执法大队。负责开展辖区内污染防治、生态保护、核与辐射安全方面的日常监督检查；依法查处辖区内生态环境违法行为。